Эта история начинается с того, что пятеро учеников обычной школы где-то в Азии были оставлены после уроков в наказание за свое поведение. Вот только согласно сюжету "Космических ниндзя" это задержание для простых школьников превращается в игру на выживание. Все дело в то, что на них внезапно нападают ниндзя — убийцы из космоса. Теперь ребята должны забыть про то, что они еще дети, ведь пришельцы серьезно настроены их убить. Придется использовать все подручные средства, чтобы банально сохранить себе жизнь. Это вечер главные герои запомнят надолго, если, конечно, выживут.