Главными героями кинокартины «Между двумя водами» являются два родных брата Исра и Чейто. Волею судьбы жизни главных героев расходятся по разные стороны. Исра неожиданно попадает в тюрьму. Его осудили за страшное преступление. Чейто уходит служить на флот. Подходит время, когда братьям суждено встретиться. Это происходит с освобождением Исры из заключения, и с окончанием службы на флоте Чейто. Братья принимают решение немного пожить в родном городе. Они желают вспомнить былые времена. Возвращение домой очень болезненно отражается на психическом здоровье главных героев. Дело в том, что отец братьев погиб, когда ребята были совсем юными. Эта смерть была по-настоящему страшной. Отец умер от насильственной смерти. Поездка в родной дом напомнила братьям о страшной трагедии, произошедшей в далеком прошлом в их небольшой, но дружной семье.